Daigo Kagemitsu, que trabaja para un general samurái en el período de los Estados Combatientes de Japón, promete ofrecer partes del cuerpo de su bebé por nacer a 48 demonios a cambio de la dominación completa del país. Cuando nace el bebé, Daigo lo arroja a un río, esperando que el niño muera. Sin embargo, un sabio amable lo encuentra y lo adopta. El sabio equipa a su pobre hijo con prótesis. El tiempo pasa y el bebé se convierte en un niño que se hace llamar Hyakkimaru. Cada vez que Hyakkimaru elimina un demonio, recupera una de las partes de su cuerpo. Hyakkimaru rescata a un niño ladrón llamado Dororo de una banda de hombres a quienes el joven intentó robar. Juntos viajan por el campo en busca de los demonios que poseen las partes de A Hyakkimaru. A lo largo de sus viajes, se enfrentan a una gran cantidad de monstruos y fantasmas. (Fuente: Vertical Inc.)
Dororo to Hyakkimaru Den es una nueva versión de la serie Tezuka Tezuka de Dororo .