Aegis es un androide creado por el Grupo Kirijo; ella es la última modelo sobreviviente de su arma experimental anti-Sombra. En combate, usa una amplia variedad de armas de alta tecnología, desde ametralladoras y lanzacohetes hasta pistolas de largo alcance y "golpes de cohete". Aegis tiene la mayor durabilidad de cualquiera de los personajes, y sus Personas se enfocan en ataques físicos. Aegis se presenta durante las vacaciones de verano en la playa de SEES, donde es simultáneamente el objetivo de la misión de recuperación de Mitsurus y la "Operación Babe Hunt" de Junpeis. Inmediatamente muestra un interés instintivo por proteger al personaje principal que ni siquiera ella puede explicar. Ikutsuki la tiene asignada para ayudar a SEES, y se inscribe en Gekkoukan High para actuar como guardaespaldas de los Personajes Principales.
Durante su batalla con Ryoji en el Puente de la Luz de la Luna, Aegis recupera los recuerdos atrapados en sus circuitos dañados.