En la superficie, SEESel Escuadrón de Ejecución Especializada Extracurriculares un club completamente normal en la Escuela Secundaria Gekkoukan. en realidad son un grupo de estudiantes que investigan un fenómeno conocido como la "Hora Oscura" y eliminan seres conocidos como "Sombras". ." Sólo individuos seleccionados con "potencial" pueden recordar la ocurrencia de la Hora Oscura mientras que otros se "transmografarán" en ataúdes y se volverán susceptibles al Síndrome de Apatiauna condición que pone a sus víctimas en un estado de trance y les hace perder su voluntad de vivir. El estudiante de transferencia Minato Arisato es uno de esos individuos que puede recordar los eventos que ocurren durante la Hora Oscura, aunque no sea consciente de su capacidad. En el momento en que llega a la escuela, se encuentra con una persona misteriosa que le pide que firme un contrato diciendo que asumirá la responsabilidad de sus propias acciones. Después, es confrontado por los miembros de SEES, que lo ponen bajo vigilancia secreta porque creen que posee un potencial mucho mayor que cualquiera de los otros miembros. Una noche, Minato es despertado abruptamente por Yukari Takeba cuando una Sombra viene a atacar su dormitorio durante la Hora Oscura. Sentirse obligado a luchar contra la Sombra, toma el arma de Yukari pero, en lugar de dispararle a la Sombra, se la vuelve contra sí mismo, despertando a su "Persona". Equipado con sus nuevos poderes, Minato se une a SEES para descubrir el misterio detrás del misterioso fenómeno.
Persona 3 está inspirada en el juego de PS2 de Atlus del mismo título. La serie ha sido publicada en inglés por Udon Entertainment desde el 4 de octubre de 2016. También ha sido publicada en español por ECC Ediciones desde el 26 de junio de 2019.