Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki, e Fuu Hououji son extraños reunidos por el destino cuando se encuentran durante un viaje de campo aparentemente normal a la Torre de Tokio. Acompañados de un gran destello de luz, escuchan la súplica de una mujer misteriosa para salvar a "Cephiro", y las heroínas de la secundaria son arrastradas repentinamente por un pez volador gigante. Luego, llegan a una tierra desconocida, donde se encuentran con un hombre llamado Maestro Mago Clef.Clef informa a las niñas que fueron convocadas por la Princesa Emeraude para cumplir sus destinos como Caballeros Mágicos, restaurando la paz y el equilibrio en Cephiro. La tierra anteriormente animada y pacífica ha estado en desorden desde que el Sumo Sacerdote Zagato encarceló a la princesa, que actuó como el pilar de estabilidad de Cephiros. Los Caballeros Mágicos aceptan de mala gana las palabras de Clef como verdad y se embarcan en un viaje para salvar a Cephiro de las garras del mal. Fuente: MyAnimeList
Aunque la primera temporada es una adaptación casi directa del primer arco del manga, hay varias pequeñas adiciones, incluido el personaje original de anime Inouva. La canción principal de Magic Knight Rayearth, Yuzurenai Negai, recibió la "Mejor canción temática" en los primeros Premios Animation Kobe en 1996.