Yuugi Mutou es el protagonista principal de Yu-Gi-Oh! Duelo de Monstruos. Al comienzo de la serie, es un niño tímido que es realmente bajo para su edad, algo por lo que siempre se burla en la escuela. Por esta razón, él siempre estaba solo. Sin embargo, su abuelo le da el Rompecabezas del Milenio antes de la línea de tiempo de las historias y le dicen a Yuugi que si lo resuelve, se le podría conceder un deseo. Se las arregla para resolver el Rompecabezas del Milenio y pide amigos y su deseo se concede de inmediato. También despierta el espíritu que reside en el Rompecabezas, pero Yuugi no se da cuenta de esto hasta mucho más tarde en la historia. Cuando Yuugi se da cuenta, él y el espíritu se vuelven muy cercanos, y él llama al espíritu "Mou Hitori No Boku", el Otro Yo, y el espíritu lo llama "Aibou, compañero. Yugi se convierte en un recipiente para el espíritu y él se le dice que su deber es ayudar al espíritu a encontrar sus recuerdos perdidos. Con la ayuda de sus amigos, ayuda al faraón a recuperar sus recuerdos mientras supera las situaciones más difíciles. Yuugi se ve principalmente viviendo con su abuelo, ya que sus padres son principalmente en viajes de negocios. Su madre, Ashita, hace una breve aparición al comienzo de la segunda temporada, cuando Yuugi discute con el espíritu. Yuugi también está muy dotada como duelista con el juego de cartas Duel Monsters, gracias a la experiencia y crianza de su abuelo. El mazo Yuugis, a lo largo de la serie, fue realmente su abuelo, ya que su abuelo le dio su mazo en el episodio 1 para luchar contra Seto Kaiba. Sin embargo, en la última temporada, Pharaohs Memory, usa su propio mazo, que contiene magos ruedas y máquinas. Yuugi también es visto como un "Hombre de las Damas" en la serie, según el relleno de KCGP. Sin embargo, desde el principio, ha sido obvio que está enamorado de Anzu Mazaki, su amigo de la infancia. Yu-Gi-Oh! GX Yuugi Mutou hace varias apariciones en Yu-Gi-Oh! GX. Es visto por primera vez como un adulto en el primer episodio, con quien Judai Yuki se encuentra en su camino hacia el examen de ingreso en la Academia de Duelo. Yuugi luego le entrega a Kuriboh alado y se aleja. También hay varias menciones de él a lo largo de la serie.
En los episodios finales, 179180, aparece de nuevo a Judai Yuki, diciéndole que ha venido a ayudar a Judai a recuperar lo que había perdido en la última pareja.
En una de las aperturas de 5D, se muestra que Yuugi había perdido la vida de su abuelo durante uno de los ataques de Paradox en su marco de tiempo y él es extremel