Motoko Kusanagi es la misteriosa e incluso enigmática mujer que ha dirigido un grupo de SpecOps durante años, y fue reclutada por Aramaki para trabajar en la Sección 9. Casi no se sabe nada sobre ella, sus orígenes, fecha de nacimiento, etc. No podía ser mayor que 60 más o menos, ya que el uso generalizado de la ciborgización completa no estaba en uso hasta entonces. Ella estaba completamente cibernética a una edad muy temprana y, a medida que "crecía", atravesó una serie de cuerpos artificiales. Esto, más que nada, probablemente contribuyó a su gran facilidad para controlar los cuerpos cyborg de varios tipos, incluso múltiples al mismo tiempo. Más misteriosa es su increíble habilidad como hacker, ya que está igualmente cómoda en un cuerpo de cyborg que sin ella mientras bucea en la red; ella también está oficialmente registrada como Super Wizard Class Hacker. Su vida romántica no involucra oficialmente a nadie en la serie Stand Alone Complex; Sin embargo, en el manga original es bisexual y sale con el líder de la Sección 1 por algún tiempo.
En el universo SAC se muestra en que Hideo Kuze es la primera persona que alguna vez amó, y su relación con Batou parece ser una de una estrecha confianza platónica.