Después de la muerte de Yukishiro Tomoe, Himura Kenshin se convirtió en un espadachín libre para proteger a los miembros del Ishin Shishi. Shishio Makoto se convirtió en su sucesor como el hitokiri de las sombras (asesino) y fue responsable del asesinato de Izuka, el hombre que había traicionado al shishi. El futuro gobierno de Meiji era más reservado sobre Shishio que Kenshin; muchos miembros de los clanes Chōshū y Satsuma (los miembros del futuro gobierno Meiji) tendrían muy poca información sobre él. Más tarde, el nuevo gobierno de Meiji creía que sería mejor para ellos eliminar a Shishio antes de que se volviera demasiado poderoso, ya que Shishio era un hombre que deseaba el poder. Así, durante la Guerra Boshin, Shishio quedó inconsciente por varios disparos, rociados con aceite y quemados vivos por el nuevo gobierno formado por el Ishin Shishi. Sobrevivió, sufriendo daños severos en todo su cuerpo. Luego, reunió a un grupo de los mejores luchadores de Japón, llamado Juppongatana (Diez espadas), para derrocar al gobierno de Meiji. Shishio imaginó un Japón gobernado por él, haciendo cumplir los principios de la selección natural, o lo que llamó "el fuerte se come al débil". Utilizando esta creencia, realizó una campaña contra el gobierno Meiji, ya que sentía que era demasiado débil para liderar efectivamente el país. Usando su lema, moldeó a un discípulo ideológico de Seta Sōjirō, quien sirvió como su mano derecha, y el más fuerte de los Juppongatana. Planeaba fortalecer la economía con petróleo una vez que se hiciera cargo del país.