Jean Louis Bonaparte, conocido como Napoleón en la versión original en japonés, es un personaje recurrente. Su personaje está basado en Napoleón I. En la versión en inglés, Bonaparte es interpretado por Mike Pollock, mientras que Naoki Tatsuta toma el papel en la versión japonesa. El vicecanciller de la Academia de Duelo que comienza con la segunda temporada, Bonaparte es un hombre robusto procedente de París, Francia, que originalmente intentó demoler el dormitorio Slifer Red en cada oportunidad, pero Crowler lo rechazó. Más tarde se enfrentó junto a Crowler contra Maximillion Pegasus para un trabajo en Industrial Illusions, después de que creyeron falsamente que el canciller Sheppard los despidió. Después de la llegada de Duel Academys en una dimensión alternativa, alienta a los estudiantes a salvar a su hijo Marcel del Duel Spirit Yubel. Anteriormente casado, el hijo de Bonapartes está bajo la custodia de su ex esposa. Después de que Marcel es rescatado, Bonaparte se disculpa por descuidarlo y dejar a su esposa por su carrera, y los dos regresan a Francia al final de la temporada. Tanto en inglés como en japonés, Bonaparte habla francés en ocasiones. En este último, también se refiere a sí mismo con el arcaico "wagahai", y termina la mayoría de sus oraciones con "de aru". En el anime inglés, con frecuencia usa los términos franceses "feux pas" y "au revoir". Bonaparte juega un mazo de Toy Army, que incluye cartas que detallan las conquistas y la coronación de Napoleón Is, como los monstruos Toy Soldier y Toy Emperor. Sus cartas de Toy Soldier son físicamente débiles, pero las complementa con Forced March y Fife and Drum Corps, así como una variedad de Trap Cards.