En el viaje de regreso de los Decepticons a Cybertron después de su ataque a Autobot City en la Tierra en el año 2005, un Megatron herido de muerte, pero aún funcional, fue arrojado al espacio junto con varios otros Decepticons caídos para reducir la masa de Astrotrains para llegar a Cybertron. El final parecía estar cerca para Megatron, pero no fue así, cuando lo convocó Unicron, quien le hizo una oferta, a cambio del servicio de Megatrons, le daría un nuevo cuerpo y nuevas tropas para comandar. Megatron inicialmente se negó, enfurecido ante la idea de ser el sirviente de Unicrons. Sin embargo, ante la destrucción como su única alternativa, Megatron aceptó a regañadientes la oferta de Unicrons y fue reformateado como Galvatron. Comandado por Unicron para destruir la Matriz de Liderazgo, Galvatron regresó por primera vez a Cybertron para resolver un antiguo puntaje con Starscream, que lo había dejado a la deriva en el espacio y ahora estaba siendo coronado como el nuevo líder Decepticon en una ceremonia pomposa. Demostrando su nuevo poder, Galvatron destruyó Starscream con una sola explosión de su nuevo modo de cañón. Los otros Decepticons rápidamente aceptaron a Galvatron como su líder. El consumo posterior de Unicrons de las lunas Cybertrons enfureció a Galvatron, pero cuando Unicron lo torturó mentalmente para ponerlo en su lugar, comenzó el resentimiento de Galvatrons hacia su maestro. Liderando otro ataque contra Autobot City, persiguió a Ultra Magnus y los Autobots al Planeta de la Basura, donde tomó la Matriz de Ultra Magnus e intentó usar su poder contra Unicron. Incapaz de abrir la Matriz, Galvatron quedó impotente cuando Unicron se transformó y atacó a Cybertron con sus propias manos. Unicron se tragó a Galvatron con desprecio, mientras aplastaba a los defensores de Cybertrons Decepticon como moscas. Poco después, un grupo de Autobots ingresó al cuerpo de Unicrons, donde el joven Hot Rod se encontró con el humillado líder Decepticon. Aunque Galvatron inicialmente propuso una alianza con el Autobot contra Unicron, una vez más fue torturado mentalmente por Unicron, quien le dice que destruya Hot Rod, de lo contrario, Galvatron mismo será destruido. Galvatron acepta débilmente, todavía acepta a Unicron como su maestro, y luego se enfrentó a Hot Rod en la batalla. Galvatron rápidamente alcanzó la ventaja sobre el Autobot más débil. Sin embargo, cuando Hot Rod se apoderó de Matrix de Galvatron, fue reformateado en Rodimus Prime, y arrojó a Galvatron a través de la armadura de Unicrons y al vacío del espacio, antes de liberar el poder de Matrix y destruir Unicron. Ahora sin líderes y forzados a abandonar Cybertron por los Autobots, los Decepticons se retiraron al mundo en ruinas de Chaar, donde discutieron y lucharon entre sí por sus limitados recursos de energía. Los tenientes creados por Galvatrons Unicron, Cyclonus y Scourge se propusieron encontrar el cuerpo de sus líderes utilizando la información almacenada en los bancos de memoria de Unicron y lo rastrearon hasta el planeta Thrull. Encontraron a Galvatron sumergido en un charco de plasma similar a la lava, y lo rescataron solo para descubrir que Galvatron se había vuelto loco (el diagnóstico oficial, provisto en el episodio posterior, Webworld, es que el plasma se filtró en la cubierta de la cabeza de Galvatrons y agarró su metaprocesador, lo que hace que se enoje irreversiblemente (lo que probablemente explica por qué cambió su voz). Después de atacar a sus propios secuaces, regresó con ellos a Chaar, solo para descubrir que los Decepticons se habían puesto del lado de los Quintessons en un ataque contra los Autobots a cambio de Energon. Dirigiéndose al planeta, Galvatron abrió fuego contra sus propias fuerzas, y luego se enfrentó a los Quintesson, quienes lo engañaron para formar una alianza con la promesa de llevarlo a la "Matriz de Liderazgo Decepticon". Un ataque conjunto de Decepticon / Quintesson tanto en Cybertron como en la Tierra casi permitió a los Quintesson reclamar la victoria final cuando activaron un interruptor que anuló a todos los Transformers, pero cuando Spike Witwicky revirtió el efecto, Galvatron activó a los Quintesson, que solo lograron escapar de su ira.