Es uno de los alumnos de la clase 3-E. Nagisa es visto como uno de los estudiantes más débiles de la clase debido a su baja estatura y habilidades físicas mediocres que son comparables a algunas de las chicas de la clase. Sin embargo, él es en realidad el más talentoso para convertirse en un asesino de todos los estudiantes, algo que Korosensei y Karasuma reconocieron. Es capaz de acercarse mientras oculta su sed de sangre para hacer un ataque sorpresa y puede hacer que sus oponentes vacilen solo con su sed de sangre. Nagisa generalmente escribe debilidades de Korosenseis que al principio parecen menores (ya que no parecen grandes debilidades), pero finalmente revelaron ser útiles, ya que una vez son capaces de matar a Korosensei debido a una de sus debilidades que es la misma que Nagisa tiene escrito en su nota. Exteriormente amable y educado con sus amigos y con todos, esconde un lado un poco más oscuro de él como asesino que no podrá ser descubierto durante las clases diarias y solo se mostrará durante el entrenamiento y el tiempo de asesinato. Según Karasuma, cada vez que Nagisa desata su intención de matar, no está entrenando y realmente va a matar.
Al final, él es el que lleva la carga de matar a Koro-sensei.