Kotomi es otra compañera de escuela de Tomoyas en el mismo año, pero, como Kyou, está en una clase separada de Tomoya. El "Koto" en Kotomi se deriva del instrumento de cuerda musical japonés del mismo nombre. Está entre los diez primeros para cada materia en todo el país en resultados de exámenes estandarizados; siempre va a la biblioteca para leer materiales adicionales, especialmente libros en idiomas extranjeros. Kotomi es una chica muy tranquila y es bastante difícil comunicarse con ella. En su tiempo libre, toca el violín, aunque es muy pobre hasta el punto de causar dolor a quienes la escuchan tocar.
En la adaptación del anime Clannad: After Story, Kotomi se muda a Estados Unidos para continuar sus estudios. Sin embargo, ocasionalmente visita a Tomoya y a los demás.
Tomoya la conoce por primera vez cuando entra en la biblioteca y encuentra a Kotomi sentada en el suelo descalza, leyendo libros con tijeras en la mano.