Hondou Eisuke apareció por primera vez poco después de una de las confrontaciones de Conans con la Organización Negra, en la que se reveló que el popular presentador de noticias Mizunashi Rena era uno de sus miembros. Se alistó en Teitan High School y rápidamente se hizo amigo de Mouri Ran y Suzuki Sonoko, quienes notaron la sorprendente similitud con Mizunashi. Algún tiempo después, Eisuke visitó al padre de Rans en su oficina, donde también se encontró con Conan. Después de expresar un vivo interés en el trabajo de Mouris, Ran lo invitó a venir en cualquier momento, para disgusto de Conan, quien había sospechado de Eisuke. Esta sospecha fue confirmada por el hecho de que en casos posteriores Eisuke cometió varios errores que incidentalmente contribuirían a la solución del caso relevante. Eisuke es una persona con muy mala suerte. Constantemente choca o cae sobre algo. Sin embargo, su torpeza oculta un intelecto agudo y un gran talento para la observación. Con solo unas pocas pistas con las que trabajar, pudo localizar a su desaparecida hermana en el Hospital Central de Haido, donde el FBI la mantenía bajo vigilancia e incluso penetrar en las instalaciones. para confrontar a Mizunashi Rena, quien realmente era su hermana Hondou Hidemi, antes de que Conan lo descubriera. Se dio cuenta de que Shinichi y Conan eran la misma persona antes de conocer a Conan y lograron sacarle la verdad más tarde.
Con el tiempo, Conan descubrió que Eisuke era de hecho pariente de Mizunashi. había venido a Tokio buscando pistas de dónde estaban sus hermanas, provocado por la muerte de su hermana.
Con el tiempo, Conan descubrió que Eisuke era de hecho pariente de Mizunashi. Había venido a Tokio en busca de pistas sobre el paradero de su hermana, provocado por él verla trabajando como presentadora de noticias por casualidad. Aprendió la verdad de Conan, Hidemi y Akai Shuuichi que su hermana, así como su difunto padre, estaban trabajando para la CIA contra la Organización Negra.
Cuando Conan protestó, Eisuke se rió en voz alta, afirmando que la reacción de Conan era la confirmación final que necesitaba: que Conan era realmente Kudou Shinichi, y que de hecho era responsable del "éxito del Kogoro Durmiente". Con esta revelación, le pidió a Conan/Shinichi que cuidara bien a Ran en su lugar, prometiendo así mantener su secreto.
Después de esta revelación, se le ofreció un lugar en el Programa de Protección de Testigos, que rechazó, aunque decidió seguir los pasos de su familia uniéndose a la CIA un día. Solo con Conan, también confesó que se había enamorado de Ran y deseaba llevarla con él a América.