Originalmente nacido como humano, su encuentro con una ghoul hembra bajo el nombre de Kamishiro Rize lo obligó a someterse a procedimientos de cirugía de emergencia después de su asalto por ella. Astuta y manipuladora, Rize usa sus encantos y la atracción de Kaneki hacia ella como un medio para obtener su próxima "comida". Después del ataque, Kaneki es llevado al hospital en un estado medio muerto con Rize. Un médico llamado Kanou, que experimenta en secreto con demonios, humanos y medio demonios, trasplanta lo que Kaneki cree que es un riñón en su cuerpo como un medio para salvar su vida en la grave situación. Pronto se entera de que le trasplantaron parte del kagune de Rize, convirtiéndose en el primero de muchos experimentos humano-ghoul que Kanou llevará a cabo. Debido a la abundancia antinatural de células RC ahora presentes en su cuerpo debido al kagune de Rize, Kaneki pierde la capacidad de soportar la comida humana, a menudo enfermándose o vomitando al ingerir alguna, y gana los poderes de regeneración y uso de kagune como resultado. Debido a su moral y apego a la humanidad, Kaneki se niega a consumir seres humanos como un medio para mantenerse, incluso cuando la carne se obtiene a través de medios no violentos, sino que consume grandes cantidades de café y, cuando es absolutamente necesario, canibaliza a otros demonios. Más tarde, se une a varios ghouls, Banjou y Tsukiyama Shuu, con el fin de reducir el número de ghouls que causan estragos en el mundo para mejorar la vida de los humanos. Debido a la naturaleza de su máscara ghoul y características físicas, Kaneki se gana el nombre de "One-Eye" entre la comunidad ghoul, y eventualmente "Centipede" cuando su kagune toma la forma de uno después de que se le pone bajo un inmenso estrés, presión y ansiedad. El CCG finalmente lo llamó un ghoul clasificado por las SS.
Durante el tiempo que está siendo torturado por Yamori, el pelo de Kaneki se vuelve blanco y sus uñas se vuelven negras debido al estrés y las mutilaciones repetidas de sus dedos de manos y pies
Durante su pelea con Kanae, Kaneki recuperó sus recuerdos. Con el regreso de sus recuerdos, Kaneki se ha vuelto emocionalmente frío y distante. Se reveló que durante su pelea con Arima, Kaneki deseaba morir. Este deseo se ha mantenido en Kaneki. Su comportamiento frío es el resultado del deseo de Kaneki de morir.
Después de sobrevivir a su batalla contra Arima, Kaneki pierde sus recuerdos de su pasado y se vuelve inconsciente de su verdadero yo. Kaneki ahora vive bajo la nueva identidad de Haise Sasaki y ha sido tomado bajo el cuidado del CCG. Es un investigador de ghouls de clase especial asociado, el ex mentor del Escuadrón Quinx y miembro del Equipo Mado. Los deberes de Kaneki son supervisados por Akira Mado y Kishou Arima.
Cuando un ghoul canibaliza a otro ghoul, algunas de sus células RC son absorbidas en el cuerpo del ghoul que consume. Como resultado, dicho ghoul eventualmente se perderá a la locura y la locura debido a la sobreabundancia de células RC, incluso para los ghouls. Yamori (Jason) es un ejemplo principal de canibalizar ghouls y convertirse en víctima de la locura, eventualmente Kaneki también lo hará. El estado ciempiés de Kanekis es un ejemplo perfecto de su lucha con perderse a sí mismo a las células RC y los recuerdos de otros ghouls.
22-23 (Tokyo Ghoul:re)