Shinji Ikari es el Tercer Niño ("Tercer Niño" en japonés), quien pilotea la Unidad 01. Es el hijo de Gendo y el fallecido Yui Ikari. Abandonado por su padre, Gendo, cuando era un niño pequeño, Shinji a menudo huía de situaciones difíciles. Como piloto, entra en pánico fácilmente y reacciona muy mal ante eventos inesperados. Con el tiempo y con el aliento de Misato, aprende a ser menos cobarde, más franco y más seguro.
Más tarde, cuando Asuka ha sido reducida a un estado comatoso y Shinji también ha sufrido una increíble coacción mental, él va a su lado para rogar.
Su progreso se deshace cuando se ve obligado a matar a la única persona que alguna vez expresó abiertamente su amor hacia él. Sus únicos amigos son Toji y Kensuke,