La serie se desarrolla muchos años después de una guerra devastadora, que mató al 80% de la población de la Tierra. La Tierra está siendo observada por un grupo de seres conocidos como The Third desde una ciudad llamada Hyperius. Reciben su nombre de un ojo rojo en forma de joya en la frente (Space Eye) que sirve como puerto para el acceso a datos y otros tipos de comunicación. Estos seres están comprometidos a proteger a los humanos del daño. Una de las formas principales es proteger a los humanos es controlar la cantidad de "tecnos" o tecnología a la que los humanos tienen acceso, conocido como el "tabú technos". Humano encontrado utilizando technos prohibidos podría ser asesinado por el mejor "autoenforzador" de The Third, un robot AI llamado Bluebreaker. Sigue las aventuras de Honoka, una niña de 17 años que es humana, pero también nació con un tercer ojo azul. The Third descubrió que no podía interactuar con el resto de The Third y por eso la declaró mutación y la dejó con padres humanos. Su ojo azul le permite ver Chi y usarlo para encontrar enemigos ocultos y sentir las emociones de todos los seres vivos. Honoka es un experto en comercio que viaja a través de la tierra árida con la ayuda de un tanque de arena operado por Bogie, un guardián de IA que le dio su abuelo. Se gana la vida haciendo varios trabajos con el tanque, como librar áreas de arañas y hormigas de gran tamaño y escoltar o transportar clientes. Una noche, mientras viaja por el desierto, se encuentra con un hombre extraño llamado Iks. Llegó al planeta con un propósito que no está claro hasta el último episodio. The Third también está nervioso por su llegada y teme que pueda tratar de dañar a los humanos. Con el fin de entender el mundo, más Iks contrata a Honoka para que la acompañe en la mayoría de sus viajes. Durante el viaje o por la noche, recita poemas de un escritor llamado "Dona Myfree" (ortografía exacta desconocida en este momento).
The Third tuvo dos volúmenes publicados en inglés por Tokyopop, del 11 de marzo al 8 de julio de 2008, antes de que el editor quedara sin efecto.