La historia comienza en un futuro próximo, cuando los océanos de la Tierra se hayan elevado e inundado la mayor parte de la tierra que se encuentra en el mar en la Tierra. El científico rebelde Zorndyke causó la inundación, que mató a innumerables individuos, y la mayoría de las ciudades restantes de la humanidad han sido atacadas o destruidas por el ejército de "híbridos" medio animales de Zorndykes. Los humanos restantes comienzan a hacer la guerra contra las creaciones marítimas de Zorndykes para una simple supervivencia. La mejor esperanza de la humanidad para una resolución del conflicto radica en sus fuerzas submarinas, entre las cuales se encuentra el foco de la historia, Blue Submarine # 6. Se revela que Zorndyke está intentando terminar decisivamente el conflicto a favor de sus hijos híbridos al inducir artificialmente un interruptor polar utilizando energía geotérmica en el Polo Sur.