El fanático de los rompecabezas Daimon Kaito ha estado loco por resolver enigmas, acertijos y acertijos toda su vida. Asiste a la prestigiosa Root Academy con Nonoha, pero pasa la mayor parte de su tiempo creando y resolviendo acertijos. Kaito es uno de los pocos adolescentes geniales que asisten a la escuela que recibió el título de Einstein, junto con sus otros compañeros de clase tan brillantes que recibieron los títulos de Galileo, Edison y Da Vinci. Juntos, intentan resolver un rompecabezas que, desde su creación hace siglos, nunca se ha resuelto. Pero los estudiantes geniales pronto se dan cuenta de que hay fuerzas peligrosas detrás del rompecabezas imposible. (Fuente: MangaHelpers)
Phi Brain: Kami no Puzzle se basa en la serie original de anime Sunrises para televisión del mismo título.