Oreki Houtarou es un chico de secundaria minimalista. Un día, se une al Club de Literatura Clásica a pedido de sus hermanas mayores. Allí se encuentra con Chitanda Eru, Fukube Satoshi, e Ibara Mayaka. Chitanda es una chica hermosa y tranquila, pero se convierte en una encarnación de la curiosidad una vez que dice: "Estoy interesada en eso (Watashi, Kininarimasu)". Fukube es un niño sonriente con un recuerdo fantástico que se hace llamar una base de datos. Ibara es una chica baja y estricta con los demás y con ella misma. A ella le encanta Fukube, pero él siempre esquiva sus enfoques. Comienzan a investigar un caso que ocurrió hace 45 años. Los indicios del misterio están enterrados en una antigua colección de obras de los antiguos miembros de Classics Club. La colección se titula "Hyouka.".
Después del 12o volumen, el manga comenzó una nueva serie de secuelas que comienza en el número de agosto de 2019 de Shounen Ace. Se centra en los cuatro miembros del club en su segundo año de escuela secundaria.