Durante un viaje en crucero por la escuela, un grupo de amigos se remonta al año 1636. Según la historia, en 1637 estalló una revuelta conocida como la Revuelta Shimabara. Fue una rebelión de rebeldes cristianos y dirigida por un joven carismático conocido como Amakusa Shirou, que terminó en la derrota de los rebeldes y resultó en la pérdida de 3.000 vidas. Hayumi Natsuki, nuestra heroína, es confundida como Amakusa Shirou por los aldeanos que conoció, sin importar que el verdadero Amakusa Shirou sea un hombre. Aparentemente, el verdadero Amakusa Shirou murió el año anterior, antes de ganar reconocimiento o popularidad como líder entre la gente. En poco tiempo, se hizo famosa como una especie de ángel enviado al cielo y la gente comenzó a llamarla "Shirou", creyendo que ella es la salvadora profetizada 25 años antes. (Fuente: ANN)
Amakusa 1637 ha sido publicado en vietnamita por Kim Dong Publishing House desde el 6 de marzo de 2006.