En un futuro lejano, la humanidad se enfrenta nuevamente a la amenaza de los "Ángeles de las Sombras", criaturas místicas que han regresado después de 12,000 años de ausencia. Atacan ciudades humanas y secuestran a sus habitantes para drenar su "prana" (energía vital). Para luchar contra ellos, los jóvenes con poderes especiales de todo el mundo se reunieron y entrenaron para pilotar las "máquinas vectoriales", tres naves antiguas que juntas forman el arma suprema de los hombres, "Acuario". La historia gira principalmente en torno a Apolo, un adolescente que se rumorea que es la reencarnación de Apolonio, un ángel caído que luchó contra su propia especie para proteger a la humanidad.
Un hecho poco conocido es que al principio de su carrera, Kawamori había trabajado con Takara en el diseño de juguetes para la serie Diaclone, muchos de los cuales finalmente pasaron a la línea Transf...