Después del desastre al final de Shin Getter Robo, Hayato Jin se convirtió en el nuevo líder del Instituto de Investigación Saotome y Ryoma se retiró al campo. La tecnología de robots ha avanzado hasta el punto de que la mayoría de los países principales los poseen, pero la investigación de Getter Rays ahora está prohibida y se mantiene en secreto del resto del mundo. Para derrotar al loco Randou, cuya base se encuentra en el Ártico, se forma un nuevo equipo de pilotos de Getter Robo, pilotando una nueva forma de Getter Robo que funciona con energía de plasma simple. Aliado con los ejércitos de varias naciones, comienza la guerra con el ejército de Randous. Esta serie marca el debut del Shin Getter Robo.