Tadayasu Sawaki tiene un don: puede ver todo tipo de microbios, desde los que fermentan el sake hasta el moho cotidiano del baño. No solo eso, sino que no son científicamente precisos, sino criaturas chibi lindas. Cuando ingresa a una universidad agrícola y un profesor descubre su don, comienza a conocer nuevas personas que lo ayudan a descubrir más sobre sus habilidades y sobre sí mismo.
Moyashimon fue publicado en inglés como Moyasimon: Tales of Agriculture por Del Rey Books, quien imprimió los dos primeros volúmenes desde el 24 de noviembre de 2009 hasta el 22 de junio de 2010, antes de desaparecer.