Después de entrenar en el extranjero, Link navega de regreso a Hyrule, pero naufraga en una tormenta violenta. Despierta en la isla de Koholint, y es llevado a la casa de un hombre amable llamado Tarin, y su hija Marin (que se parece mucho a la princesa Zelda). Un misterioso búho le dice a Link que, para regresar a casa, debe despertar al Pez de Viento reuniendo y tocando los ocho Instrumentos de las Sirenas. Se dice que los jefes en el despertar de Link, que guardan los instrumentos de las sirenas, son las pesadillas del pez de viento. Cuando Link toca la Balada del Pez de Viento con los ocho Instrumentos, puede entrar al huevo gigante en la cima de las Montañas Tal Tal, donde el Pez de Viento dormita. Allí debe enfrentarse a la pesadilla final, apariciones sombrías que incluyen visiones umbral de enemigos del pasado de Link.