En el futuro, el mundo es administrado por una red llamada Sistema Fractale . Un niño llamado Clain está viviendo una vida sin rumbo con sus padres, que en realidad son "Doppels" generados por computadora. Un día, se encuentra con una linda chica llamada Phryne, que está siendo perseguida por alguien. Cuando la rescata y ayuda a mantenerla oculta de sus perseguidores, él también se ve envuelto en sus problemas. ¡Después de conocerla, su vida nunca será la misma!
Fractale se basa en la serie original de anime de televisión A-1 Pictures and Ordets del mismo título. El 19 de junio de 2011, mangaka Mutsumi Akazaki declaró en una publicación de blog que encontró que trabajar en el manga Fractale no era interesante y agregó que quería trabajar en un manga que ella disfrutaba. La publicación del blog se eliminó pronto. Como resultado, el director de animes Yutaka Yamamoto solicitó al comité de producción que descontinuara la serie de manga, aunque no había indicios de que esto fuera aprobado. Akazaki luego se disculpó por el comentario.