Cuando las dos chicas se encuentran, comienza la magia. Hazuki Kagimura ama las historias, una niña ortodoxa que es demasiado imaginativa. Debido a que su relación con su nueva familia no va bien, el entorno la envía a las historias en las que pasa sus días. Un día después de la escuela, Hazuki se pierde entre las estanterías de la biblioteca, llevándola a una escuela misteriosa donde se encuentra Shizuka Tsuchimikado. Es una escuela de magia donde las niñas (llamadas "mädchen") son seleccionadas por los textos mágicos de los que nacen las historias del mundo. Se dice que Hazuki es elegida por el libro de Cenicienta. Para convertirse en un verdadero mago, Hazuki se hace amiga de Shizuka y comienza su nueva vida en la escuela.
La historia de Märchen Mädchen se basa en planes originales redactados por el autor Tomohiro Matsu antes de su muerte en 2016.