Bakumatsu Renka Karyuu Kenshiden tiene lugar en el primer año de Tokugawa cuando el Shogunato y los partidarios del emperador luchan por la supremacía. Shizuki Rin es una niña que crece en un Dojo que perdió su memoria del pasado. Secretamente, el dojo trata con información. Incluyendo el violento Shinsengumi, algunos bishies y niños que buscan fortalecerse.