En la historia del manga, la vida extraterrestre conocida como Trench Walkers se revela, emergiendo de la Antártida y caminando en el fondo del mar. Su objetivo es terraformar la Tierra a su gusto, lo que implica elevar el nivel del mar en 70 metros, haciendo que Tokio y muchos otros centros de población sean inhabitables. También han comenzado a cambiar el agua de la superficie de la Tierra en lo que llaman Néctar, el "agua divina". Sin embargo, hay chicas que se encuentran compatibles con el néctar, y son reclutadas para ser marines en una lucha contra los Trench Walkers, abordando barcos para luchar en una nueva línea de frente en el mar profundo. La historia se centra en Hiro Todoroki, quien recibe un mensaje de una hermana mayor, una marina supuestamente desaparecida en acción. El mensaje le dice a Hiro que encuentre a un formidable marine llamado Kiriri Tsunoba. El mensaje dice que Hiro debe encontrar a Kiriri Tsunoba, una de las marinas más poderosas de la historia. Aunque perdido y confundido, Hiro se dirige a la Unidad de Submarinos de la Academia de Niñas de Masakado con la intención de unirse a ellos.