Seis años después de la conclusión de la Guerra de Un Año (UC0086~0087). Una niña que perdió no sólo a sus padres, sino su propia memoria por una colonia que cae gracias a los Zeon, es reclutada en un instituto de investigación de nuevo tipo (los Laboratorios Murasame). Después de vagar sin rumbo, se convierte en sujeto de prueba No. 004 (también conocido como "Cuatro"). Aquí es entrenada para convertirse en un humano fortalecido con otros dos sujetos (No. 005 Jill Ratokie y No. 006 Amari Garfield). El intenso entrenamiento mató a muchas personas, y sin embargo a través de todo esto Cuatro y Jill se consuelan mutuamente. En el otro lado del espectro, en el Laboratorio de Augusta, el Dr. Murasame se entera de sus planes para crear otro nuevo tipo artificial: Rosamia Badam. Murasame estudia la memoria de Rosamia. Parece que el miedo a que una colonia caiga amplificó el potencial del nuevo tipo. Para hacer esto, Amari y Jill serían usadas.