Precuela de Fate/Prototype. La joven Ayaka Sajyou se despierta a un desayuno normal con su padre y su hermana mayor, Manaka, sin saber que una batalla de proporciones aterradoras ha comenzado en Tokio. Esta batalla es la Guerra del Santo Grial, la primera de una serie de masacres mutuas donde siete Magos y siete Siervos se unen para luchar en una batalla real para ganar el Santo Grial, un dispositivo omnipotente místico para conceder deseos para que se les concedan sus propios deseos. A medida que cada uno de los Siete Maestros convoca a sus siervos y luchan, más de los misterios que rodean al Santo Grial son revelados, culminando en una batalla épica que pondrá a prueba lealtades, forjará nuevas alianzas, y hace una pregunta, ¿quién es el verdadero Maestro en esta Guerra del Santo Grial?