La historia sigue a Link e Tetra, que viven en un Hyrule cubierto de inundaciones llamado Gran Mar. Viajando en el barco pirata de Tetra, la pareja descubre un Barco Fantasma. Inmediatamente después de que Tetra aborda el barco, ella grita pidiendo ayuda. Mientras Link intenta seguirla, se resbala y cae al océano. Lavado en tierra en una isla, Link es despertado por Ciela, un hada. Al explorar la isla, Link encuentra el Phantom Hourglass, lleno de Arenas de las Horas, y se encuentra con un anciano llamado Oshus, que quiere ayudarlo a encontrar el Barco Fantasma y reunirse con Tetra. Para ayudarlo en su búsqueda, Link solicita la ayuda del Capitán Linebeck y su barco, el S. S. Linebeck, que Link, Ciela, e Linebeck usan para visitar islas. Después de recorrer el Gran Mar, Link aprende que debe usar mapas y pistas escondidos en el Templo del Rey del Océano para encontrar los Espíritus de Coraje, Sabiduría y Poder, que a su vez lo ayudarán a localizar el Barco Fantasma ... (Fuente : Wikipedia)
Zelda no Densetsu: Mugen no Sunadokei fue publicado en inglés como The Legend of Zelda: Phantom Hourglass, el décimo y último volumen de la serie The Legend of Zelda, por VIZ Media bajo la impresión de VIZ Kids el 7 de septiembre de 2010. También se incluyó en la caja de 10 volúmenes publicada el 25 de octubre, 2011. La serie fue relanzada, junto con Zelda no Densetsu: Fushigi no Boushi, como el cuarto volumen de VIZ Medias The Legend of Zelda: Legendary Edition el 9 de mayo de 2017.