El escenario de Fate/Apocrypha es un mundo paralelo a Fate/stay night donde el Gran Grial fue retirado de Fuyuki después de la Tercera Guerra del Santo Grial y desapareció durante muchos años. Alrededor de la década de 2000, al mismo tiempo que la Quinta Guerra del Santo Grial habría ocurrido, el grupo que saqueó el Grial, Yggdmillennia, declara abiertamente su secesión de la Asociación de Magos y que están en posesión del Grial. La Asociación envía a cincuenta magos para recuperarlo, pero todos menos uno son asesinados instantáneamente por Lancer of Black. El que queda logra activar el sistema de reserva del Gran Grial, lo que permite la invocación de catorce siervos en total. Esto marca el comienzo de la Gran Guerra del Santo Grial en Trifas, con dos facciones diferentes, la Facción Negra, cuyos miembros son parte de Yggdramillennia, y la Facción Roja, cuyos miembros fueron enviados por la Asociación de Magos con la excepción de uno de la Iglesia. El propio Grial también convoca al Gobernante para actuar como mediador de la Guerra del Santo Grial.