La historia principal de Watashitachi no Tamura-kun gira en torno al personaje principal Yukisada Tamura, que está en su tercer año de secundaria cuando comienza la historia. Yukisada se ha cautivado por una extraña chica llamada Komaki Matsuzawa que dice que su lugar de nacimiento era en otro planeta y ella está tratando de volver. Un día, Yukisada confiesa su afecto a Komaki, pero inmediatamente después de esto, la abuela de Komaki muere y ella tiene que mudarse. Ambos logran mantenerse en contacto por un tiempo escribiendo cartas, aunque Komaki deja de escribir alrededor de la época de los exámenes de ingreso a la escuela secundaria. Cuando Yukisada entra en la escuela secundaria, se preocupa por una de sus compañeras de clase llamada Hiroka Sōma. En la secundaria, Hiroka fue constantemente intimidada, lo que la haría quedarse en casa, lo que finalmente la hizo aislarse e indefensa. . Yukisada decide no ignorarla como la mayoría de sus compañeros de clase, y en su lugar comienza a animarla y ayudarla a construir su autoestima. En poco tiempo, Hiroka se enamora de Yukisada, y un día le confiesa su amor. Durante este tiempo, Yukisada ha mantenido contacto con Komaki y lo ha mencionado en sus cartas. . Luego, un día después de mucho tiempo, llega una carta de Komaki a Yukisada preguntando quién es exactamente Hiroka. Historia secundariaLa historia secundaria de dos capítulos titulada Takaura-sanchi no Kazokukeikaku se refiere a la buena amiga de Yukisada Tamura, Shinichi Takaura y su hermanastra menor, Io Tamai. Io detesta cualquier cosa relacionada con asuntos de amor o afecto y es muy antisocial. Al ver esto, Shinichi intenta rehabilitar a su hermanastra en el asunto del amor.