Inazuma Eleven Ares se desarrollará desde la perspectiva de los tres protagonistas Ryūhei Haizaki, Asuto Inamori, y Yuuma Nosaka. La historia gira en torno a un grupo de niños que viven en una isla que aman jugar al fútbol. Su club de fútbol es de repente abolido, y la única manera de recuperarlo es ganando la Frontera de Fútbol. La historia se desarrolla en un mundo paralelo, que se desarrolla desde la perspectiva de los tres protagonistas Ryūhei Haizaki, Book Girl and the Famished Spirit,. El protagonista, Asuto Inamori , y su compañía abandonan la isla para ir a Tokio para asistir a la escuela secundaria Raimon Junior y enfrentarse a la Frontera de Fútbol. Pero su primer partido es contra el número uno Seishou Gakuen.