En un futuro cercano, una subida repentina e inexplicable del mar ha dejado gran parte de la civilización humana bajo el agua. Ikaruga Natsuki, un niño que perdió a su madre y su pierna en un accidente hace unos años, regresa desilusionado de una vida dura en la gran ciudad para encontrar su antigua casa rural medio tragada por el mar. Sin familia, todo lo que tiene a su nombre es el barco y el submarino que le dejó su abuela oceanóloga, y sus deudas. Su única esperanza para recuperar los sueños de futuro que ha perdido es aprovechar una oportunidad que le ofrece la sospechosa cobradora de deudas Catherine. Salieron a navegar para buscar las ruinas hundidas del laboratorio de su abuela con el fin de encontrar un tesoro que se rumorea que dejó allí. Pero lo que encuentran no son riquezas o joyas; es una extraña chica durmiendo en un ataúd en el fondo del mar. .Atri es un robot, pero su apariencia y su riqueza de emociones engañarían a cualquiera para que piense que es un ser humano vivo y respirando. En agradecimiento por ser rescatada, ella hace una declaración a Natsuki: "Quiero cumplir la orden final de mi amo. Hasta que lo haga, seré tu pierna!"En un pequeño pueblo que se envuelve lentamente por el océano, un verano inolvidable está a punto de comenzar para este niño y esta misteriosa robot chica...
Atri: My Dear Moments es una adaptación de la novela visual de Frontwing y Makura del mismo título.