Bajo la cobertura de la oscuridad, un samurai enmascarado asesina a seis hombres en toda la metrópoli de Japón: tres en Tokio, uno en Osaka y el último en Kioto. En su investigación, la policía descubre que cada hombre era miembro de la banda de ladrones Genjibotarua centrada en el robo de estatuas y artefactos budistas y que se conocen como los sirvientes de Minomoto no Yoshitune. Sin un motivo claro o pistas sobre la identidad de los otros miembros, el caso se queda sin resolver hasta que un templo de Kyoto llama al famoso Kogorou Mouri. Después de recibir una carta anónima que contiene un enigma peculiar, los monjes del templo piden su ayuda para resolverlo para recuperar su estatua perdida hace mucho tiempo. Mientras tanto, Conan Edogawa y el detective de la escuela secundaria Heiji Hattori se unen para resolver el enigma críptico y encontrar al asesino, mientras Hattori busca a su amor de la infancia. Con el conocimiento de Hattori de Kyoto, los dos recorren las calles y descubren gradualmente la verdad, pero no antes de que el asesino vuelva a atacar, matando a otro miembro de Genjibotaru y, después de repetidos intentos de matar a Hattori, finalmente secuestrar a la novia de la infancia de Hattori. Sólo trabajando juntos para sacar a la luz pistas enterradas pueden Conan y Hattori esperar poner fin al derramamiento de sangre del samurai deshonesto y salvar el amor de Hattori.