La historia se centra en el protagonista de 16 años, Akira Kurusu, quien fue transferido a la Escuela Secundaria Shujin en Tokio después de que un hombre con conexión política lo demandó por una violencia inexistente cuando Akira salvó a una mujer de ser molestada por el hombre, lo que lleva a su libertad condicional. Al llegar a Tokio, encuentra una misteriosa aplicación instalada en su teléfono que le permite entrar en otro mundo formado por corazones corruptos de adultos donde despierta su poder llamado Persona. Durante su tiempo allí, se le unen dos compañeros estudiantes Ryuuji Sakamoto e Ann Takamaki, y una criatura con forma de gato que cambia de forma conocida como Morgana. Sintiéndose reprimidos por su entorno, los cuatro forman un grupo conocido como los "Ladrones fantasmas del corazón" para robar corazones corruptos de adultos y reformar la sociedad.
Persona 5 ha sido publicado en inglés por VIZ Media desde el 14 de enero de 2020.