Un día, en el autobús, Sakurakouji Sakura mira por la ventana para ver a las personas quemadas vivas con un fuego azul y un niño de su edad que está ileso y de pie junto a la gente. Ella regresa al sitio al día siguiente y no hay cadáveres ni evidencia de ningún tipo de asesinato, solo un pequeño incendio. Luego va a clase para encontrar un nuevo estudiante transferido, Oogami Rei, que se ve exactamente como el niño que vio antes y usa un guante negro solo en la mano izquierda. Oogami es un Code Breaker, uno que "no existe". Es un asesino aparentemente a sangre fría que sigue el principio de "ojo por ojo" para "usar el mal contra el mal". Convencido de que matar no está bien, Sakurakouji 'se propone detenerlo y penetrar en su corazón helado.
Code:Breaker fue parcialmente publicado en inglés por Del Rey Books, quien publicó los dos primeros volúmenes del 27 de julio de 2010 al 26 de octubre de 2010, antes de que Kodansha se hiciera cargo de ellos, y la licencia fue retirada.