La serie se desarrolla en el año 2008 en Shibuya y se centra en Takumi Nishijou, un estudiante de secundaria en la Academia privada Suimei, y algunos eventos extraños que han ocurrido recientemente en el área de Shibuya. Hasta ahora se han producido dos eventos y los medios de comunicación y el público en general lo mencionan como eventos de Nueva Generación. El primer evento llamado "Inmersión grupal" ocurrió el 7 de septiembre con cinco estudiantes de secundaria que saltaron a la muerte desde una torre alta. El segundo evento ocurrió el 19 de septiembre en el que un hombre fue encontrado muerto con un feto de treinta y dos semanas grabado en su abdomen. La historia comienza el 28 de septiembre con Takumi hablando con un amigo en línea llamado Grim. Grim tiene que proporcionar a Takumi los antecedentes de los recientes eventos de la Nueva Generación, ya que Takumi no está interesado en noticias locales o internacionales. Una persona llamada Shōgun se une a la sala de chat aunque no dice una palabra hasta que Grim haya salido de la sala de chat. Shōgun se enfrenta a Takumi y le presenta un aluvión de enlaces de imágenes que representa un asesinato muy espantoso. Al día siguiente, cuando Takumi se dirigía a su casa después de pasar la tarde en un café de Internet, se encuentra con la misma escena que vio ayer en las fotos de Shōguns. . Huye de la escena del crimen gritando, pero no sin antes encontrarse con una chica de cabello rosado allí cubierta de sangre y vestida con el uniforme de la Academia Suimei. La historia progresa desde aquí con Takumi tratando de evitar involucrarse con Shōgun y otros eventos de Nueva Generación mientras está atrapado lentamente en un gran esquema de ruedas de movimiento.
ChäoS;HEAd se basa en 5pb. y Nitroplus novela visual del mismo nombre.