El manga sigue a Machi, un estudiante de secundaria que sirve como doncella del santuario en un santuario sintoísta y cuida a un oso, que vive en la montaña en la región de Tohoku, en el norte de Japón. El oso, Natsu, tiene la capacidad de hablar y es el guardián de Machi. Cuando Machi le explica a Natsu que ella asistirá a una escuela en la ciudad, él le da a Machi un conjunto de pruebas que debe pasar para poder sobrevivir en la vida de la ciudad. (Fuente: ANN, editado)
Kuma Miko ha sido publicado en inglés como Kuma Miko: Girl Meets Bear por One Peace Books desde el 20 de septiembre de 2016.