Años después de que un antiguo mal fue rescatado de las profundidades del mar, Joutarou Kuujou 'se sienta pacíficamente dentro de una celda japonesa. No cometió ningún delito, pero exige que no sea liberado, creyendo que ha sido poseído por un espíritu maligno capaz de dañar a quienes lo rodean. Preocupada por su hijo, Holly Kuujou le pide a su padre, Joseph Joestar, que la convenza de abandonar la prisión. Joseph informa a su nieto que el "espíritu maligno" es, de hecho, algo llamado "Stand", la manifestación física del espíritu de lucha que puede adoptar una variedad de formas mortales. Después de una ardiente pelea con el amigo Joseph Mohammed Avdol, Joutarou es expulsado de su celda y comienza a aprender a controlar el poder de su Stand. Sin embargo, cuando un Stand se despierta dentro de Holly y amenaza con consumirla en 50 días, Joutarou, su abuelo Joutarou, su abuelo Joutarou, su abuelo y sus aliados deben buscar y destruir al vampiro inmortal responsable de su condición. Deben viajar al otro lado del mundo a El Cairo, Egipto y en el camino, luchar contra los feroces usuarios de Stand dispuestos a frustrarlos. Si Joutarou y sus aliados fallan en su misión, la humanidad está destinada a un destino sombrío. Fuente: MyAnimeList
JoJo no Kimyou na Bouken: Stardust Crusaders, así como su segunda temporada, es una adaptación completa de la tercera parte de la serie de manga JoJo no Kimyou na Bouken. La primera temporada cubre los primeros 69 capítulos del manga. Al igual que en la temporada anterior, las animaciones del tema de apertura fueron producidas por el estudio Kamikaze Douga (神 風 動画).