Los Pokémon son criaturas maravillosas que vienen en una variedad de tipos y tamaños, con habilidades, poderes y personalidades tan diversas como numerosas. El doctor Yukinari Ookido ha dedicado su vida al estudio de estos seres fascinantes, que pueden ser atrapados, entrenados, intercambiados y luchados entre sí. Sin embargo, hay mucho que puede hacer desde su laboratorio. Con esto en mente, Ookido confía a dos niños pequeños con un Pokémon propio y una enciclopedia computarizada para catalogarlos. Uno de ellos, Green, es descarado, apasionado, un poco arrogante, y el propio sobrino del doctor Ookido. El otro chico, Red, es igualmente apasionado y lleno de un sentido de asombro ligeramente ingenuo y de ojos abiertos. Pokémon: El origen sigue a Red en su viaje por la región de Kanto en su intento de completar su "Pokédex" capturando y catalogando todos los Pokémon que existen. En el camino, el infierno descubre que hay más para él y sus objetivos de lo que originalmente pensó. Red tendrá que ponerse a prueba tanto a él como a sus Pokémon en gimnasios especiales, cuyos líderes son pasos en el camino hacia la Liga Pokémon, para desafiar a los Elite Four y convertirse en un Campeón de la Liga Pokémon. Además de sus objetivos para convertirse en Campeón , Red tiene otros problemas de elaboración. Hay otros que capturan y entrenan Pokémon por razones más siniestras, siendo la infame organización criminal Team Rocket uno de ellos. Si Red puede derrotarlos, compañeros entrenadores, su rival Green, y Pokémon salvajes en todo Kanto, puede cumplir su propio sueño, y el Doctor Ookidos también.
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