Ahora que Adol Christen ha salvado la tierra de Esteria del malvado sacerdote Dark Fact, Adol y las dos sacerdotisas viajan a la tierra flotante de Ys, donde el mal tiene una influencia aún mayor en las personas y nadie tiene esperanza. El futuro de Ys recae en Adol, heredero de los poderes de los sacerdotes y el único que puede mostrar a la gente de Ys la verdad sobre su mundo. Pero, a medida que crece el poder de Adol, puede ser él quien lo salve, o lo destruya.