Los estudiantes de la Academia Ninjutsu regresan de las vacaciones de verano para escuchar que debido a uno de los errores de Komatsuda, toda su tarea de verano estaba mezclada. Como resultado, Kisanta, que recibió una asignación destinada a un sexto año, desapareció después de intentar colarse en el castillo Oomagatoki para robar a sus señores fundoshi. Se envía un grupo que incluye Shinbei e Kirimaru para rescatarlo, pero dado que Oomagatoki está en guerra con Tasogaredoki Castle, podría ser una misión difícil. Al mismo tiempo, la Academia Ninjutsu recibe una solicitud de apoyo de una aldea afectada por la guerra, y ac Rantarou y los estudiantes y maestros restantes se dirigen allí para ayudar.
La película es una versión alternativa del contenido del manga que ya se adaptó en la temporada 16 del anime, con animación completamente nueva, eventos en un orden diferente y material nuevo agregado.