En 1941, un año después de la derrota de Sotetsu Genan, el capitán Seijuurou Kamiyama de la División Floreciente de la Revisión Imperial de Combate en Tokio se va en una misión secreta, con Sakura Amamiya asumiendo temporalmente el mando. Tras un incidente en Europa, Kamiyama toma a una joven rusa llamada Klara M. Ruzhkova y la deja en el cuidado de las Divisiones Florecidas. Sin embargo, el capitán de la Revue de Combate de Moscú Valery Kaminski es enviado a Tokio para recuperar a Klara y la División de Flores debe detenerlo.
Shin Sakura Taisen the Animation es una secuela original del juego Shin Sakura Taisen.
Teikoku Kagegi Dan: Hanagumi (帝国歌劇団・花組) (CV: Ayane Sakura, Saori Hayami, Ayaka Fukuhara, Hibiku Yamamura and Maaya Uchida)
Teikoku Kagegi Dan: Hanagumi (帝国歌劇団・花組) (CV: Nana Mizuki, Manami Numakura and Sumire Uesaka)