Unos años después de las aventuras de los Niños Elegidos en el Mundo Digital, se convoca a un nuevo grupo de Niños Elegidos para salvar el Mundo Digital. Un malvado gobernante conocido como Digimon Kaiser, o Digimon Emperor, está obligando a los Digimon de los Mundos Digitales a la esclavitud. El nuevo grupo de Niños Elegidos, con la ayuda de sus Digimon, comienza un viaje para detener al malvado Emperador Digimon.