Cien años después de los catastróficos cambios en las placas tectónicas causaron que la mayor parte de su área se sumergiera, Japón ahora prospera como una nación marítima. Las ciudades de alto funcionamiento bordean las costas de Japón, y las rutas marítimas bien desarrolladas son defendidas por barcos navales especializados. La industria marina está floreciendo y las jóvenes están ansiosas por unirse a las sirenas azules, mujeres altamente calificadas que dedican sus vidas a proteger los mares. Después de un tiempo separados, las amigas de la infancia Akeno Misaki e Moeka China se reencuentran en la escuela secundaria Yokosuka Girls Marine High School. Aquí se les unen otros que comparten su sueño de convertirse en sirenas azules. Pronto, comienzan los ejercicios de entrenamiento, con Akeno e Moeka a cargo de sus propios barcos y tripulación. Todo progresa sin problemas para Akeno a medida que se establece en su papel de capitán y crea camaradería entre sus compañeros de tripulación a bordo del Harekaze, un barco destructor. Sin embargo, las fallas inesperadas en el motor y la navegación pronto dejan a su barco varado y la tripulación en peligro. High School Fleet sigue a la valiente tripulación de Harakazes mientras navegan por aguas traicioneras y otros obstáculos en su búsqueda para convertirse en sirenas azules de pleno derecho. Fuente: MyAnimeList