Han pasado dos años desde el final de la "Martian Successor Nadesico.". Akito e Yurika han desaparecido. Los jovianos y los terrícolas se han unido y Ruri ahora es el capitán de Nadesico B. A medida que crece la popularidad de Boson Jumping, se ha desarrollado una vasta red de transporte. Apodado el Plan Hisago, esta red de portales de Chulip contiene las respuestas a los misterios detrás de las partículas de Bose y su poder. Si esos secretos caen en las manos equivocadas, podría significar un gran problema. Y gran problema hay. Un grupo escindido marciano lanzó una ofensiva, dejando a las Fuerzas Unidas confundidas y desesperadas. Tanto es así, de hecho, que la antigua tripulación del Nadesico vuelve al servicio activo para una misión especial no autorizada: salvarnos a todos. ¿Esta colección de inadaptados tiene lo que se necesita? ¿Quién ganará la carrera por la tecnología Boson? ¿Y qué diablos pasó con Akito e Yurika?
La serie ganó el Premio Animages Anime Grand Prix de 1998.