Hace muchos años, después del final de una sangrienta guerra mundial, la humanidad se refugió en seis ciudades-estado que fueron pacíficas y perfectas ... al menos en la superficie. Sin embargo, Shion, un residente de élite de la ciudad-estado número 6, obtuvo una nueva perspectiva del mundo en el que vive, gracias a un encuentro casual con un niño misterioso, Nezumi. Nezumi resultó ser solo uno de los muchos que vivían en el desierto desolado más allá de los muros de la supuesta utopía. Pero a pesar de saber que el otro niño era un fugitivo, Shion decidió llevarlo a pasar la noche y protegerlo, lo que resultó en consecuencias drásticas: debido a sus acciones, Shion y su madre perdieron su condición de élite y fueron reubicados en otro lugar, y El lado más oscuro de la ciudad comenzó a darse a conocer. Ahora, mucho tiempo después de su primer encuentro que altera la vida, Shion e Nezumi finalmente se reúnen una vez más: la antigua élite y el niño en fuga están a punto de embarcarse en una aventura que, con el tiempo, revelará los secretos devastadores de No. 6. Fuente: MyAnimeList
El n. ° 6 se condensa, pero se mantiene fiel a la serie original de novelas ligeras de nueve partes. Se hicieron cambios para atenuar la cantidad de violencia en la serie, además de crear un final alternativo.