Veinte años antes del comienzo de las historias, un asteroide que se dirige a la Tierra destruye a Plutón. Debido a la destrucción de Plutos, el asteroide, que se llama Thanatos, se estanca temporalmente. Ahora, para evitar la destrucción inminente de la Tierra, la Agencia Internacional de Desarrollo del Sistema Solar (ISDA) trabaja en el "Proyecto D" y crea el "Dragonauta" después de encontrar un huevo de dragón debajo del océano. El objetivo principal de esta arma es destruir el asteroide cuando llegue el momento. Sin embargo, pronto descubren que el asteroide no es su única amenaza, ya que las poderosas criaturas parecidas a dragones, que están empeñadas en la destrucción, aparecen en la Tierra. Después de presenciar el asesinato de una de las criaturas, Jin Kamishina, un solitario 18 años Un viejo que perdió a su familia en un accidente de transporte hace dos años, se involucra en los misterios de los dragones y se convierte en el piloto elegido del Dragonauta. Ayudarlo en su viaje es Toa, una misteriosa chica que lo salva de caer a la muerte después de que la criatura lo ataca. A medida que profundizan en los misterios de los dragones, se encuentran con nuevos amigos y enemigos, y también comienzan a desarrollar una relación más estrecha. (Fuente: Wikipedia)