Kotetsushin Jeeg tiene lugar cincuenta años después del original y presenta un nuevo elenco de personajes, principalmente el nuevo personaje principal Kenji Kusanagi, un estudiante de secundaria que se convierte en Kotetsushin Jeeg para luchar contra la repentina reaparición de "Haniwa Genjin" ("Haniwa Phantom Go" robots de arcilla) del Imperio Jamada gobernado por Queen Himika. Otros personajes incluyen Tsubaki Tamashiro (nieta de Miwa Uzuki); y Kyou Misumi. También aparecen otros personajes principales de la serie original.